Site de Jean-Michel RICHER

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• 2025
• • Activation de règles CHR pour la composition et l'orchestration de solveurs par contraintes JVictor Allard, Vincent Barichard, Eric Monfroy, Jean-Michel Richer, In Proceedings of JFPC (Journées Francophones de Programmation par Contraintes) 25, 2025, Dijon, France
• 2016
• • Strategies for Phylogenetic Reconstruction Jean-Michel Richer, Karla E. Vazquez-Ortiz and David Lesaint, In Proceedings of the 9th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies - Volume 3: BIOINFORMATICS, pages 226-236, 2016, Rome, Italie
• 2014
• • A Bottom-Up implementation of Path-Relinking for Phylogenetic Reconstruction applied to Maximum Parsimony Jean-Michel Richer, Karla E. Vazquez-Ortiz and David Lesaint, Eduardo Rodriguez-Tello, SSCI 2014, 9 au 12 Décembre 2014, Orlando, FL, USA. DOI: 10.13140/RG.2.1.4809.3526
  • Simulated Annealing Applied to the Resolution of Phylogenetic Reconstruction with Maximum Parsimony Jean-Michel Richer, Karla E. Vazquez-Ortiz and David Lesaint, In Simulated Annealing: Strategies, Potential Uses and Advantages, Nova Publishers, p 71-98, 2014, ISBN 978-1-63117-275-5
• 2013
• • Improvevement of Fitch function for Maximum Parsimony in Phylogenetic Reconstruction with Intel AVX2 assembler instructions Jean-Michel Richer, Technical Report, LERIA, 2013 (PDF)
• 2012
• • Maximum Parsimony Phylogenetic Inference Using Simulated Annealing Jean-Michel Richer, Eduardo Rodriguez-Tello, Karla Esmeralda Vazquez-Ortiz, EVOLVE 2012, Mexico City, Mexico, August 7 - 9, 2012
  • NARROMI: a noise and redundancy reduction technique improves accuracy of gene regulatory network inference Xiujun Zhang, Keqin Liu, Zhi-Ping Liu, Béatrice Duval, Jean-Michel Richer, Xing-Ming Zhao, Jin-Kao Hao, and Luonan Chen, Bioinformatics 2013 29: 106-113.
• 2011
• • Chapter 26 in Algorithms in Computational Molecular Biology Adrien Goeffon, Jean-Michel Richer, and Jin-Kao Hao, Wiley, Series: Bioinformatics: Computational Techniques and Engineering, Edited by Mourad Elloumi, Albert Y. Zomaya. 2011, ISBN 978-0-470-50519-9.
• 2010
• • PhyloSearch, a new tool for plant pathogenic bacteria identification, developed by CFBP Portier P., Baumard A., Briand M., Huard A., Richer J.M., Fischer-Le Saux M., ICPPB'2010, 12th International Conference on Plant Pathogenic Bacteria, 7 au 11 Juin 2010, Saint Denis La Réunion (France).
    poster (PDF)
• 2009
• • A Memetic Algorithm for Phylogenetic Reconstruction with Maximum Parsimony Jean-Michel Richer, Adrien Goëffon, Jin-Kao Hao, Proceedings of EvoBIO 2009, Tübingen, Germany, April 2009 (article, lecture)
• 2008
• • Three new techniques to improve phylogenetic reconstruction with Maximum Parsimony Jean-Michel Richer, Technical Report, LERIA, 2008 (PDF).
• 2007
• • A New Dynamic Programming Algorithm for Multiple Sequence Alignment Jean-Michel Richer, Vincent Derrien, Jin-Kao Hao, COCOA 07, Xi'an, Shaanxi, China, 12-15 August 2007. LNCS 4616, ISBN 978-3-540-73555-7. lecture, article (32 papiers acceptés parmi 114, soit 28 %)
  • Progressive Tree Neighborhood applied to the Maximum Parsimony Problem Adrien Goeffon, Jean-Michel Richer, Jin-Kao Hao, In IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (TCBB), 2007 (PDF).
• 2006
• • A Distance-based Information Preservation Tree Crossover for the Maximum Parsimony Problem Adrien Goeffon, Jean-Michel Richer, Jin-Kao Hao, In Proceedings of Parallel Problem Solving From Nature IX, (PPSN 06), Reykjavik, September 2006 (PDF).
  • Hybrid Evolutionary Algorithm for reconstructing Phylogenetic Trees Adrien Goeffon, Jean-Michel Richer, Jin-Kao Hao, Actes des Septièmes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM'06), Bordeaux, France, Juillet 2006.
• 2005
• • Recherche locale à voisinage évolutif pour la reconstruction de phylogénies Adrien Goeffon, Jean-Michel Richer, Jin-Kao Hao, Actes du 6ème Congrès National sur la Recherche Opérationnelle et l'Aide à la Décision (ROADEF'05), pp 187-188, Tours, Février 2005.
  • Local Search for the Maximum Parsimony Problem Adrien Goeffon, Jean-Michel Richer, Jin-Kao Hao, 2005 International Conference on Natural Computation (ICNC'05), Changsha, Chine, 27-29 August 2005, Lecture Notes in Computer Science 3612: 678-683, Springer-Verlag 2005. (PDF)
  • Voisinage d'arbre évolutif appliqué au problème de Maximum Parcimonie Adrien Goeffon, Jean-Michel Richer, Jin-Kao Hao, Actes des Premières Journées Francophones de Programmation par Contraintes (JFPC'05), Lens, Juin 2005.
  • PLaSMA : un nouvel algorithme progressif pour l'alignement multiple de séquences Vincent Derrien, Jean-Michel Richer, Jin-Kao Hao, Actes des Premières Journées Francophones de Programmation par Contraintes (JFPC'05), Lens, Juin 2005.
  • Voisinage d'arbre évolutif appliqué au problème de Maximum Parcimonie Adrien Goeffon, Jean-Michel Richer, Jin-Kao Hao, Actes des Sixièmes Journées Ouvertes en Biologie Informatique et Mathématiques (JOBIM'05), Lyon, France, Juillet 2005. PDF
  • Progressive Tree Neighborhood Applied to the Maximum Parsimony Problem Adrien Goeffon, Jean-Michel Richer, Jin-Kao Hao, Mini EURO Conference on Variable Neighborhood Search (MECVNS 05), Tenerife, Espagne, Novembre 2005.
• 2003
• • PLaSMA : une approche hybride pour l'alignement multiple de séquences Vincent Derrien, Jean-Michel Richer, Jin-Kao Hao, 5ème Congrès de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision (ROADEF'03), pp 77-78, Avignon, 26-28 Février 2003.
• 2002
• • A new hybrid approach to Multiple Sequence Alignment Vincent Derrien, Jean-Michel Richer, Jin-Kao Hao, 7th International Conference on Parallel Problem Solving From Nature (PPSN 2002), Workshop on Bioinformatics, pp 31-32, Granada, Spain, September 2002.
• 1999
• • Sacre: A Constraint Satisfaction Problem Based Theorem Prover Jean-Michel Richer, Jean-Jacques Chabrier, In Proceedings of the Sixteenth National Conference on Artificial Intelligence (AAAI-99), Orlando, Florida, July 18-22, 1999. aaai99.ps, aaai99.pdf
• 1997
• • Une approche de résolution de problèmes en logique basée sur des techniques de satisfaction de contraintes Jean-Michel Richer, Jean-Jacques Chabrier, Sixièmes Journées Francophones de Programmation Logique et Programmation par Contraintes (JFPLC'97), Orléans, France, 26-28 mai 1997.
• 1996
• • Resolution of Structured SAT problems with Score(FD/B) Jacqueline Chabrier, Jean-Michel Richer, Jean-Jacques Chabrier, Second International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming (CP'96), Cambridge, Massachusetts, USA, August 19-22, 1996. Lecture Notes in Computer Science No. 1118. cp96.ps, cp96.pdf